Sistem kemaluan lelaki terdiri daripada bahagian luaran dan dalaman. Alat kelamin lelaki luaran merangkumi zakar, uretra, dan skrotum. Alat kelamin lelaki dalaman termasuk vesikel mani, testis, vas deferens, epididimis, prostat, kelenjar bulbourethral, dan saluran ejakulasi.
Zakar adalah bahagian utama alat kelamin lelaki luaran, yang mempunyai fungsi seksual dan badan. Ia mampu mengeluarkan air mani (mengandungi sperma) semasa hubungan seks dan melegakan urin. Uretra mengangkut air kencing dari pundi kencing, keluar dari badan lelaki. Air mani juga melalui uretra.
Setiap lelaki mempunyai dua kantung skrotum, yang menempatkan bahagian tertentu dari alat kelamin lelaki dalaman (epididimis, testis, dan tali spermatik bawah). Testis adalah bahagian terpenting dari alat kelamin lelaki dalaman kerana mereka membuat dan menyimpan sperma, serta membekalkan tubuh lelaki dengan hormon, yang mengawal perkembangan ciri-ciri lelaki dan organ pembiakan.
Epididimis menyimpan, matang, dan mengangkut sperma antara testis dan vas deferens, yang menyalurkan sperma ke arah uretra. Vesikel mani bersebelahan dengan uretra dan mengeluarkan cecair susu yang akhirnya dikeluarkan melalui saluran ejakulasi. Kelenjar bulbourethral juga membantu pembuangan air mani.